學(xué)校傳統(tǒng)學(xué)科優(yōu)勢在臨床醫(yī)學(xué)，為全國第二批次臨床醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士授權(quán)點。改革開放以來，學(xué)校已形成新的優(yōu)勢學(xué)科，即生物醫(yī)學(xué)工程一級學(xué)科，該學(xué)科將產(chǎn)、學(xué)、研及科技轉(zhuǎn)化有機地結(jié)合在一起，擁有原創(chuàng)性的知識產(chǎn)權(quán)產(chǎn)品和多項發(fā)明專利，并形成產(chǎn)業(yè)化，在學(xué)科發(fā)展壯大的過程中，產(chǎn)生了對學(xué)科發(fā)展有巨大推動的學(xué)術(shù)群體和創(chuàng)新團(tuán)隊。學(xué)校的學(xué)科發(fā)展勢頭良好，口腔醫(yī)院并入學(xué)校后，已獲得口腔醫(yī)學(xué)一級學(xué)科碩士點。

學(xué)校擁有4個國家級重點學(xué)科：內(nèi)科學(xué)（傳染�。�、兒科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、臨床檢驗診斷學(xué)；特別是兒科學(xué)和臨床檢驗診斷學(xué)居于國內(nèi)領(lǐng)先水平。

博士點

一級學(xué)科博士點:生物醫(yī)學(xué)工程、臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)

生物醫(yī)學(xué)工程（可授工學(xué)、理學(xué)、醫(yī)學(xué)學(xué)位）：超聲醫(yī)學(xué)、組織工程與細(xì)胞工程、生物制藥與生物醫(yī)用材料、生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)、物理醫(yī)學(xué) 。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)：病原生物學(xué)

臨床醫(yī)學(xué)：內(nèi)科學(xué)、兒科學(xué)、老年醫(yī)學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、精神病與精神衛(wèi)生學(xué)、皮膚病與性病學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、臨床檢驗診斷學(xué)、護(hù)理學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、腫瘤學(xué)、康復(fù)醫(yī)學(xué)與理療學(xué)、運動醫(yī)學(xué)、麻醉學(xué)、急診醫(yī)學(xué)、全科醫(yī)學(xué)。

藥學(xué)：藥理學(xué)

博士后科研工作站：臨床醫(yī)學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、藥學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)

國家重點學(xué)科

內(nèi)科學(xué)（傳染�。� Infection Disease

該學(xué)科于1956年由上海醫(yī)學(xué)院著名傳染病學(xué)專家錢德教授、劉約翰教授、張定鳳教授、王其南教授來渝創(chuàng)建�，F(xiàn)下設(shè)病毒性肝炎研究所、傳染病與寄生蟲病研究所以及省部共建感染性疾病分子生
物學(xué)教育部重點實驗室，同時也是《中華肝臟病雜志》承辦單位和編輯部所在地。1979年獲碩士學(xué)位授予權(quán)， 1981年獲博士學(xué)位授予權(quán)。1989年被評為首批國家級重點學(xué)科，2002年再度入選。

兒科學(xué) Peadiatrics

1956年，上海第一醫(yī)學(xué)院兒科系全遷來渝創(chuàng)建重慶醫(yī)學(xué)院兒科系，成為全國最早建立的四大兒科系之一，是衛(wèi)生部、聯(lián)合國兒童基金會在中國最早建立的四大兒童急救中心之一。當(dāng)年，一批矢志建設(shè)西部、發(fā)展西部兒科醫(yī)學(xué)事業(yè)的開拓者來到這里，他們是：首任院長、第一任《中華兒科雜志》主編陳翠貞教授、中國小兒外科奠基人之一王贊堯教授、全國知名小兒傳染病專家石美森院長、消化病專家徐谷教授、腎病專家沈錦教授、新生兒病專家吳仕孝教授、血液病專家張錦教授、兒童保健學(xué)專家鄭惠連教授、小兒傳染病專家陳季方教授等。

臨床檢驗診斷學(xué)

該學(xué)科是國家級重點學(xué)科。1983年經(jīng)國家教委批準(zhǔn)首批設(shè)置本科專業(yè)
，1986年、1990年先后在全國首批獲準(zhǔn)臨床檢驗診斷學(xué)碩士、博士學(xué)位授權(quán)，1992年、1999年成為四川省、重慶市的重點學(xué)科，2000年被評為重慶市重點實驗室，2001年被評為重慶市“十五”期間重點建設(shè)的12個重點學(xué)科之一，2002年被評為本專業(yè)唯一的國家級重點學(xué)科，2005年，臨床檢驗診斷學(xué)實驗室獲教育部省部共建重點實驗室立項。該學(xué)科點的發(fā)展代表了中國檢驗醫(yī)學(xué)高等教育的發(fā)展歷程。

神經(jīng)病學(xué) neurology

重慶醫(yī)科大學(xué)神經(jīng)病學(xué)為國家重點學(xué)科（2007）。重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科是醫(yī)院的重點、特色學(xué)科。該科室始建于1958年，由我國著名神經(jīng)病學(xué)專家傅雅谷、沈鼎烈、徐越和董為偉教授從上海第一醫(yī)科大學(xué)華山醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科來渝創(chuàng)建，經(jīng)過半個世紀(jì)幾代人的努力建設(shè)，現(xiàn)科室擁有重慶市唯一的神經(jīng)病學(xué)重點實驗室及西南地區(qū)唯一的神經(jīng)病學(xué)研究所。作為集醫(yī)療、教學(xué)、科研為一體的專業(yè)性科室，我們各方面的條件長期以來都處于國內(nèi)領(lǐng)先水平，所取得的成績在國內(nèi)及西部地區(qū)同類學(xué)科中均名列前茅。另外，科室還與美國哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬麻州總醫(yī)院、美國Johns Hopkins University醫(yī)學(xué)院、美國Miami University醫(yī)學(xué)院、美國Sunnyvale帕金森病研究所建立了良好的雙邊學(xué)術(shù)交流合作關(guān)系。至此，該科在西部地區(qū)乃至全國都享有盛譽。